故事講述；五十年代，美軍在菲律賓海域附近進行了一次試爆，行動名稱為 君主行動 ，但期實是美軍發現該海域經常出現一個巨大的不明生物，並將不明生物名命為
哥斯拉
，而
哥斯拉
亦在這次爆炸後再沒有出現。時間飛逝，一九九九年的東京某區，一所核電廠發生爆作，令核電廠工程
喬
之妻子在爆炸中身亡，並令該區成為核污染地區。十五年後，
喬
的兒子
福特
前往日本保釋父親時，
喬
告訴
福特
核電廠爆炸不是意外，而是被不明生物襲擊，這時，
美國
及
日本
先後出現了三隻巨大怪物，其中一隻便是消失已久的
哥斯拉
，並預測目的地為美國的
舊金山
，美軍決定用核彈引誘及消滅三隻怪獸，
福特
亦成為今次行動的隊員，但日本科學家
芹澤
則認為，
哥斯拉
是為了平衡現時的世界才會再次出現，並會消滅這兩隻怪獸令世界回復和平……
仲以為今次會像 N年前一樣，將故事改到鬼五馬六，但好彩今次是完完全全忠於原著，不論是故事內容、
哥斯拉
或是雌雄
穆透
的造形，而電影前半段主要講述三隻怪獸的來歷，後半段則是美軍及三隻巨大怪獸的混戰。最特別的是，當
哥斯拉
咆考的時候，成張椅會不停咁震，連個身都震埋，都唔知是戲院音響勁定係配音?!
